ISSN 1866-8836
Клеточная терапия и трансплантация

Современные методы и возможности секвенирования следующего поколения (NGS) для типирования системы HLA

1Юрий А. Серов, 1Ильдар M. Бархатов, 1Антон С. Климов, 2Андрей С. Беркос
1НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантации им. Р. М. Горбачевой, Первый Санкт-Петербургский
государственный медицинский университет им. И. П. Павлова, Санкт-Петебург, Россия;
2Российский НИИ гематологии и трансфузиологии, Санкт-Петербург, Россия
doi 10.18620/ctt-1866-8836-2016-5-4-63-70
Отправлено 14 Сентября 2016
Одобрено 25 Ноября 2016

Загрузить версию в PDF

Клеточная терапия и трансплантация (КТТ)
Том 5, Номер 4
Contents 

Резюме

Область генома, кодирующая лейкоциты антигенов человека (HLA) – это сегмент длиной 3,6 миллиона пар оснований на хромосоме 6(p21). Сложная по антигенному составу система HLA содержит важные молекулы, участвующие в трансплантационном иммунитете. Специфические генные последовательности генов HLA довольно сложно расшифровать с помощью классических методов прямого секвенирования в связи с их техническими ограничениями, сложным составом генов HLA, и возрастающим числом новых аллелей, что требует новых методов генотипирования. Секвенирование следуюшего поколения (NGS) является методом, который может обеспечить полное решение проблемы HLA-типирования. За последнее десятилетие разработка NGS обеспечила более легкий способ полногеномного анализа у человека, в том числе для типирования генов HLA. Несколько вариантов высокопроизводительных методов оценки HLA, основанные на мультиплексных аналитических технологиях NGS были разработаны на основе различных технологических платформ. В этом обзоре мы обсуждаем возможные области применения и прогресс в оборудовании для NGS в плане глубокого типирования системы HLA, с особым вниманием к будущим аспектам его клинического использования. Общеизвестный полиморфизм генов HLA и минимальные межаллельные различия представляют собой особую проблему. Поэтому некоторые вопросы, связанные с биоинформатикой и углубленной обработкой данных для более эффективного анализа HLA в контексте оценки совместимости донора и реципиента. В этом плане различными производителями предложены специализированные компьютерные программы для анализа больших баз данных, получаемых посредством технологий NGS. Наконец, эти высокопроизводительные подходы позволяют минимизировать финансовые затраты на 1 образец, особенно в крупных HLA-лабораториях, где соответствующие расходы на NGS-исследования стали теперь значительно затрат, возникающих при использовании классических технологий секвенирования по Сэнгеру.

Ключевые слова

аллогенная трансплантация гемопоэтических стволовых клеток, hla-типирование, секвенирование следуюшего поколения (ngs), технологические решения


Возврат к списку