Новые HLA-аллели в популяциях Северного Кавказа

Резюме

Цель работы

Изучение генетического разнообразия генов системы HLA в популяциях Северного Кавказа.

Материалы и методы

Проведено HLA-типирование локусов A, B, C, DRB1, DQB1 методом секвенирования (Abbott) в высоком разрешении, полученных в 2543 образцах ДНК от потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток, привлеченных в республиках Дагестан и Чечня. Для подтверждения новых аллелей были использованы технологии пиросеквенирования (Rosche), NGS (GenDx), моноаллельного секвенирования (PROTRANS).

Результаты и обсуждение

В ходе проведенных исследований выявлено 15 новых аллелей, т.е частота выявления новых аллелей равна примерно 1:170. Популяции Северного Кавказа характеризуются самой высокой частотой выявления новых аллелей среди всех изученных российских популяций, что обусловлено особенностями их генетического профиля, а также тем, что представители данных популяций практически не представлены в мировых регистрах доноров. Следует отметить, что 12 новых аллелей из 15 выявленных – это аллели, содержащие нуклеотидную замену, которая привела к замене аминокислоты в доменах, образующих пептид-связывающую бороздку молекул HLA, и, следовательно, участвующие в процессе распознавания «свой-чужой». По данным на 31 июля 2016 года, 9 новых аллелей зарегистрированы международным Комитетом по номенклатуре факторов HLA-системы ВОЗ: 3 – по локусу А, 2 – по локусу В,1 – по локусу С, 2 – по локусу DRB1, 1 – по локусу DQB1. Важно отметить, что некоторые из указанных аллелей были выявлены у нескольких человек, не являющихся родственниками, аллели A*26:106, B*57:78, A*24:314 обнаружены в двух, пяти и семнадцати случаях, соответственно. Это свидетельствует не о случайных мутациях в гене, а о циркуляции данных аллелей среди представителей данных популяций. На сегодняшний день для остальных 6 новых аллелей лаборатория не имеет возможности получить последовательность нового аллеля отдельно от уже известных аллелей.

Заключение

Проведенные исследования показывают актуальность дальнейшего изучения разнообразия HLA-аллелей у представителей различных российских популяций и расширения географии рекрутирования потенциальных доноров ГСК с охватом всех регионов Российской Федерации, что позволит увеличить эффективность подбора доноровГСК для пациентов российских клиник, нуждающихся в аллогенной трансплантации ГСК.

Ключевые слова

Hla-типирование, Северный Кавказ, новые аллели, генетическое разнообразие