ISSN 1866-8836
Клеточная терапия и трансплантация

Сравнительный анализ методов секвенирования NGS и по Сэнгеру при HLA-типировании в российской университетской клинике

Олег С. Глотов 1,2, Ольга В. Романова 1,2, Юрий А. Эйсмонт 1, Андрей М. Сарана 1,2, Сергей Г. Щербак 1,2, Елена В. Кузьмич 3, Александр Л. Алянский 3, Наталья Е. Иванова 3, Вера В. Тепляшина 3, Юрий А. Серов 3, Людмила С. Зубаровская 3, Борис В. Афанасьев 3
1 Городская больница №40, Сестрорецк, Санкт-Петербург, Россия
2 Институт трансляционной биомедицины, Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, Россия
3 НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р. М. Горбачевой, Первый Санкт-Петербургский
государственный медицинский университет, Санкт-Петербург, Россия
doi 10.18620/ctt-1866-8836-2018-7-4-72-82

Загрузить версию в PDF

Клеточная терапия и трансплантация (КТТ)
Том 7, Номер 4
Contents 

Резюме

База данных Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) Комитета по номенклатуре факторов системы HLA (база данных IPD-IMGT/HLA) на сентябрь 2018 г. содержала информацию о нуклеотидных последовательностях 20272 различных аллелей HLA, из которых 14800 были аллелями HLA класса I, а 5288 – класса II.

На протяжении последних 20 лет при секвенировании генома человека, животных, бактерий и вирусов преобладает автоматизированная технология Сэнгера. Однако необходимость более быстрого скрининга генома стимулировало развитие новых технологий мультиплексного секвенирования ДНК. Эти современные методы обозначаются как подходы следующего поколения (Next-Generation Sequencing, NGS).

Целью нашего исследования было сравнение двух этих методов и оценка их эффективности. Чтобы достичь этой цели, мы выбрали группу из 35 образцов ДНК, в основном – потенциальных доноров гемопоэтических клеток, и провели сравнительный анализ по Сэнгеру и методом NGS. Метод NGS позволяет выявлять редкие или новые варианты аллелей. Этот подход подтвержден в качестве более чувствительного и более экономичного, особенно в больших лабораториях по HLA-типированию.

Ключевые слова

Главный комплекс гистосовместимости, новые аллели HLA, технологические решения, секвенирование следующего поколения, NGS, секвенирование по Сэнгеру, трансплантация гемопоэтических клеток, типирование по сиквенсам ДНК.


Возврат к списку