AL-06. Потеря гетерозиготности в профиле коротких тандемных повторов (STR) опухолевой ДНК у пациентов c de novo диагностированным острым лимфобластным лейкозом как паттерн аномального кариотипа опухоли
Наталья В. Рисинская1, Яна А. Кожевникова2, Валерия А. Ковалева2, Ольга А. Гаврилина1, Юлия А. Чабаева1, Анна А. Юшкова1, Наталья С. Кострица2, Сергей М. Куликов1, Елена Н. Паровичникова1, Андрей Б. Судариков1
1 Национальный медицинский исследовательский центр гематологии Минздрава России
2 Факультет Фундаментальной Медицины Московского Государственного университета им. М.В. Ломоносова, Москва, Россия
Резюме
Введение
Генетическая нестабильность опухолевых клеток может приводить к изменению профиля коротких тандемных повторов (STR) опухоли относительно STR профиля здоровых клеток пациента. Потеря гетерозиготности или аллельный дисбаланс в STR локусах подтверждают выявленные стандартным цитогенетическим анализом хромосомые аберрации в содержащих данный STR локус хромосомах: делеции, моносомии, дупликации, появление изохромосом. Однако у некоторых пациентов потеря гетерозиготности наблюдается и при нормальном кариотипе опухоли. Цель работы: проанализировать связь потери гетерозиготности в бластных клетках пациентов с впервые диагностированным острым лимфобластным лейкозом (ОЛЛ) с выявленными стандартным цитогенетическим анализом хромосомными аберрациями и верифицировать скрытые аномалии при расхождении данных цитогенетики и молекулярного анализа STR профиля опухоли.
Материалы и методы
Анализ STR-профилей ДНК опухолевых клеток был выполнен для 88 пациентов с диагностированным de novo Ph-негативным ОЛЛ, проходящих лечение по схеме «ОЛЛ-2016» в Национальном исследовательском центре гематологии (г. Москва, Россия). Возраст пациентов 18-55 лет, 53 мужчины и 35 женщин. ДНК была выделена из образцов костного мозга, взятых у пациентов при постановке диагноза. Контрольные образцы ДНК брали из крови пациентов в состоянии полной ремиссии и/или из буккального эпителия. STR-профили для каждой пары образцов ДНК пациента (опухоль/контроль) получали методом мультиплексной ПЦР с использованием набора праймеров к 19 STR-локусам и локусу амелогенина человека COrDIS Plus (Гордиз, Москва) с последующим фрагментным анализом ПЦР-продуктов на генетическом анализаторе ABI 3130 (Thermofisher Scientific, USA). Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) ДНК с выявленной потерей гетерозиготности в STR-локусах был выполнен на базе лаборатории молекулярной патологии «Геномед» с использованием системы Геноскан 3000.
Результаты и обсуждение
Нормальный цитогенетический кариотип опухоли был установлен для 37 пациентов, аномальный кариотип – для 51 пациента. Анализируя STR-профили ДНК из опухолевых и здоровых клеток каждого пациента, мы наблюдали потерю сигнала от одного из пары аллелей в гетерозиготных STR-локусах у двадцати пациентов (23%). У семерых из них был установлен нормальный кариотип опухоли. Кроме того, и при аномальном кариотипе STR локусы с потерей гетерозиготости не всегда принадлежали аберрантным хромосомам. Методом хромосомного микроматричного анализа было выявлено наличие однородительской дисомии плеча или всей хромосомы, нормальной по данным цитогенетического анализа, но несущей STR-локус с потерей гетерозиготности. У одного пациента с нормальным кариотипом в область однородительской дисомии 9p(24.3-13.3) попала микроделеция 9p21.3(21656682_22304230)x0, в результате кластер генов MTAP,CDKN2A-AS1,CDKN2A,CDKN2B-AS1,CDKN2B, содержащий три гена-онкосупрессора, продукты которых участвуют в регуляции антипролиферативной и проапоптотической активности Rb1 и p53, вообще не представлен в геноме опухоли. Предварительные результаты анализа общей выживаемости показали, что наличие потери гетерозиготности является значимым фактором неблагоприятного прогноза. В группе с потерей гетерозиготности вероятность неблагоприятного события (смерти) в 4.11 (ci95 1.08-15.63) раза выше.
Заключение
Анализ STR-профиля опухоли подтверждает и дополняет данные цитогенетического анализа, а также выявляет аномальный кариотип в случае отсутствия митозов в клетках образца. Кроме того, ПГ при нормальном кариотипе опухоли выявляет феномен однородительской дисомии, часто являющийся причиной перехода онкогенных соматических мутаций в гомозиготную форму, что отягощает прогноз заболевания.
Благодарность
Работа выполнена при поддержке Ракфонда, грант №5/2019.
Ключевые слова
Потеря гетерозиготности (LOH), de novo диагностированный ОЛЛ, хромосомные аберрации, скрытые хромосомные аномалии, однородительская дисомия.
