GC-05. Длинные некодирующие РНК как потенциальные мишени для геномного редактирования и генной терапии
Антон С. Доме, Дмитрий В. Семенов, Григорий А. Степанов
Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск, Россия
Резюме
Развитие технологии геномного редактирования и открытие эндонуклеазы RfxCas13d (CasRx) позволяет направлять системы геномного редактирования не только на белок-кодирующие гены, но и некодирующие РНК. Выступая регуляторами процессов транскрипции и трансляции, длинные некодирующие РНК (днРНК) становятся перспективными мишенями для генной терапии. Одним из примеров онкологического заболевания, в развитии которого принимают участие днРНК, является глиобластома. Неполное понимание патогенеза глиобластомы затрудняет разработку эффективной терапии. Изучение патогенеза принято проводить на модельных клеточных линиях. В числе клеточных моделей глиобластомы – линии U87MG, U251MG, U343MG.
Материалы и методы
В рамках данной работы был проведен биоинформатический анализ транскриптомных данных линий клеток U87MG, U251MG и U343MG в сравнении с линиями WI-38, HEK293FT, HEB, BEAS2B, IMR90.
Результаты
По результатам анализа были отобраны три потенциальные днРНК-мишени, имеющие повышенный уровень экспрессии в глиомных линиях по сравнению с группой контрольных линий клеток. Высокий уровень LINC00461 отмечается в клеточных линиях глиомы [1] и у пациентов с множественной миеломой [2]. LINC01152 локализуется преимущественно в ядре, участвует как в регуляции транскрипции генов, в частности, IL-23 [3], так и в посттранскрипционной регуляции, например, взаимодействуя с 3’-UTR MAML2 [4]. При глиобластоме повышенная экспрессия LINC01152 способствует эпителиально-мезенхимальному переходу (ЭМП) [5]. Показано, что LINC01272 также способствует ЭМП при раке желудка и колоректальном раке [6].
С использованием системы CasRx нами будут созданы и охарактеризованы клеточные линии с нокдауном выбранных днРНК. Это позволит глубже изучить роль выбранных мишеней в онкогенезе, а также усовершенствовать стратегию поиска и подавления генов-мишеней для генной терапии онкологических заболеваний.
Работа выполнена при поддержке гранта РНФ 21-14-00195, а также при частичной поддержке проекта базового бюджетного финансирования Минобрнауки РФ (0245-2019-0001).
Ключевые слова
CasRx, днРНК, глиобластома.
