Потенциальная роль вирусов человека и бактериофагов после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток: мини-обзор
Олег В. Голощапов1, Алексей Б. Чухловин1,2, Олег С. Глотов2
1 НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р. М. Горбачевой, Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова, Санкт-Петербург, Россия
2 Детский научно-практический центр инфекционных болезней ФМБА, Санкт-Петербург, Россия
Резюме
Микробиота кишечника (сложный симбиоз бактерий, грибов и вирусов) – это динамическая биологическая система, необходимая для существования и роста человеческого организма. Состав и соотношение бактериальных популяций серьезно нарушаются при тяжелых колитах и болезни «трансплантат против хозяина» (GVHD), возникающих после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (HSCT), особенно при развитии устойчивых к антибиотикам бактериальных штаммов. В отличие от хорошо известной бактериальной микробиоты, изученной с помощью классической бактериологии и секвенирования гена 16S рРНК, вирусные популяции кишечной микробиоты (например, бактериофагов) в этих клинических условиях изучены недостаточно из-за отсутствия общего вирусного гена, пригодного для сравнительного молекулярно-генетического анализа. Оценка соотношений вирусной и бактериальной кишечной микробиоты возможна с помощью метагеномных методов анализа множества видов ДНК в образцах биоматериала. Объектом клинического исследования являются пациенты с инфекционными осложнениями, вызванными массивным антибактериальным и цитостатическим лечением.
Особое внимание следует обратить на тяжелый колит с инфекцией C.difficile и устойчивой к антибиотикам K. pneumoniae, а также другими патогенами, как при трансплантации фекальной микробиоты (FMT), так и без нее. Обычная оценка кишечной микробиоты будет осуществляться путем секвенирования следующего поколения (NGS) на основе генного разнообразия 16S рДНК для бактериальных генов и метагеномного анализа NGS, чтобы оценить соотношение различных вирусов эукариотических клеток и, в частности, бактериофагов в случае дисбактериоза кишечника. Следует установить типичные нарушения кишечного вирома, а также их роль в колонизации кишечными бактериями, устойчивыми к антибиотикам, после интенсивной антибиотикотерапии и химиотерапии.
Ключевые слова
Кишечные инфекции, трансплантация, иммунологические осложнения, кишечная микробиота, вирусы, бактериофаги, антибиотикорезистентность, секвенирование нового поколения (NGS), ген 16S rRNA, метагеномика.
